由于不同构型的 DNA 插入 EB 的量不同，它们在琼脂糖凝胶电泳中的迁移率也不同， SC  DNA 的泳动速度（），OC  DNA 泳动速度（），L DNA居中，通过凝胶电泳和 EB染色的方法可将不同构型的 DNA分别开来。