2010年9月5日，某边防检查站在对中国货运车辆进行出境检查时，发现1名偷偷藏匿在车厢内的男子王某，未持任何有效出入境证件。经查证，王某承认了藏匿在货厢内，企图偷渡的违法事实，该交通运输工具负责人甲某对此也供认不讳。9月6日，该边防检查站向两人提出了对王某处以罚款5000元，对甲某罚款10000元的处罚意见，并依法告知了当事人陈述、申辩、听证权利。9月8日，该站报经站长同意，作出了行政处罚决定。问：该站在案件办理中有哪些不当之处？请说明理由。